На самом деле ученые на этот вопрос отвечают так: а фиг его знает.
И немного дополняют…
Дело в том, что высокие слои атмосферы Юпитера разделяются на светлые зоны и темные пояса. Сильные горизонтальные ветры, скорость которых превышает 300 км/ч, вызывают распространение зон по всей планете (причина возникновения таких сильных ветров, однако, до сих пор остается предметом исследований).
Эти зоны поддерживаются поднимающимся снизу газом. Атмосфера Юпитера, в основном, состоит из прозрачных и бесцветных водорода и гелия, однако эти газы не могут создавать золотистые и коричневые цвета.
Природа соединений, окрашивающих атмосферу, является еще одним предметом активных исследований. Предполагается, что это могут быть небольшие количества серы и углерода, измененных солнечным светом.